O Ministério do Trabalho e Emprego (MTE) elaborou duas Portarias que objetivam disciplinar o registro eletrônico de ponto de empregados, a fim de minimizar os problemas decorrentes do controle de jornada de trabalho. A Portaria 1.510 instituiu o equipamento de Registro Eletrônico de Ponto (REP), que é um hardware com inteligência fiscal embarcada. No entanto, a Portaria 373 permitiu o uso de Sistemas Alternativos de Controle de Jornada, os quais poderiam ser baseados em software. Contudo, esse sistema deve atender a uma série de exigências para apresentar conformidade legal com a regulamentação do MTE. Assim, as empresas devem incorporar mecanismos de auditoria de sistemas para avaliar o cumprimento dessas exigências. Este artigo apresenta uma metodologia de verificação de conformidade de tais sistemas, destacando o diagnóstico padrão e vulnerabilidades encontradas através de estudos de casos. Dentre as contribuições deste artigo está a apresentação das boas práticas e mecanismos tecnológicos que minimizam os riscos de não conformidade com as regulamentações brasileiras.