Este trabalho resultou de uma reflexão acerca de um conjunto de questões relacionadas a um dos principais instrumentos de planejamento e de controle dos recursos colocados à disposição das universidades públicas brasileiras: o orçamento. Tem como objetivo geral contribuir com o processo de planejamento e controle orçamentário das instituições públicas de ensino superior construindo um modelo alternativo de alocação de recursos orçamentários às unidades departamentais. Na fundamentação teórica abordou-se a dimensão da autonomia de gestão financeira, os aspectos gerais do orçamento de universidades e diversos modelos de distribuição dos recursos orçamentários adotados por universidades públicas brasileiras. Trata-se de uma pesquisa exploratória de ordem descritiva e com tratamento dos dados de forma qualitativa. A concepção do modelo proposto se fundamenta na alocação dos recursos do orçamento entre as unidades departamentais, tendo como ponto de referência o desempenho acadêmico, trabalhando com variáveis de ordem quantitativas e qualitativas. Os resultados revelam que o modelo construído traz no seu bojo elementos inovadores em relação aos modelos atuais, ao incorporar a transparência, a descentralização e a co-responsabilidade, para evitar o arbítrio e a improvisação. Implementa indicadores de gargalos e de eficácia de gestão orçamentária. O modelo formatado diminui a distância entre as unidades “ricas” e “pobres”, visando minimizar os efeitos desagregadores que possam surgir no futuro. Tem por filosofia tratar de forma desigual os desiguais. Acredita-se que o modelo faz com que o orçamento deixe de ser tão-somente um documento para cumprimento das exigências legais e passe a ser um instrumento de gestão.